概要

ACEMDは、NVIDIA GPU専用に設計された生体分子用の高性能分子動力学コードです。シンプルで高速なACEMDは、NAMDと非常によく似たコマンドと入力ファイルを使用し、出力ファイルはNAMDやGromacsにおいても利用することができます。

GPUの計算能力を活用する最適化されたMDエンジンとして設計されているため、計算が非常に高速化されています。インストールされているGPUカードの数とタイプに応じますが、数十から数百のプロセッサを使用した並列CPUシミュレーションと同等の性能を発揮します。本ソフトウェアは、HTMDのPythonによる強力なスクリプティング機能と拡張インターフェイスを備えており、一般的なCHARMMやAMBER等の力場フォーマットをそのまま使用でき、マルチホストでのレプリカ交換法による計算実行も可能です。

ACEMDは、タンパク質、オリゴ糖、核酸、および合成ポリマーの分子動力学シミュレーションにおいて使用されています。

開発元:英 Acellera ltd

特徴

1. Runs everywhere

ACEMDはローカルコンピュータ上での利用だけでなく、クラウド・コンピューティングサービスAceCloudから直接利用するすることもできます。

2. Fast

ACEMDは、世界最速のGPU用MDエンジンです。

3.Robust

ACEMDは、世界最大規模の分散コンピューティングプロジェクトの1つであり、数千のMDシミュレーションが毎日実行されているGPUGRID.netのエンジンとして採用されています。

4.Compatible

ACEMDはCHARMMとAMBERの力場フォーマットを読み込むことでき、NAMDまたはAMBERシステムと高い互換性をもちます。

5.Expandable

ACEMDは既存レパートリーや自作によるプラグインインターフェイスを用いて機能を拡張することができます

6.Professional Support

専門的な科学者および開発者のチームによる幅広いプロフェッショナルレベルのサポートを利用することができます。

 

主な機能

• 力場としてAmber, CHARMM, OPLS, Martini

•入力ファイル形式としてPDB、PSF、PRMTOP、NAMD Bincoor

•出力ファイル形式としてPDB、NAMD Bincoor、DCD、XTC

•静電的PME法、Velocity Verlet数値積分法、Long-time-step水素質量再分割、直方体単位セル、完全周期性

•ランジュバン温度計算、ベレンゼン圧力計算

•RATTLE補正・位置調和制約機能付きM-SHAKEによる拘束・制約

・TCLおよびCインターフェイスによるスクリプト

•パラレルテンパリング法やレプリカ交換法が計算可能なPLUMED 1.3 / 2.0を使用するメタダイナミクス

•HTMDとの完全統合

 

ライセンス形態

  GPU数上限 価格
ACEMD Pro Academic 100 お問合せください
ACEMD Pro Academic 無制限 お問合せください
ACEMD Pro Industry 100 お問合せください
ACEMD Pro Industry 無制限 お問合せください

 

 

リファレンス

•M. J. Harvey and G. De Fabritiis, An implementation of the smooth particle-mesh Ewald (PME) method on GPU hardware, J. Chem. Theory Comput., 5, 2371–2377 (2009).

•M. Harvey, G. Giupponi and G. De Fabritiis, ACEMD: Accelerated molecular dynamics simulations in the microseconds timescale, J. Chem. Theory and Comput. 5, 1632 (2009).

•M. J. Harvey and G. De Fabritiis, An implementation of the smooth particle-mesh Ewald (PME) method on GPU hardware, J. Chem. Theory Comput., 5, 2371–2377 (2009).