サービス概要

ACISS(Affinity-Constella In Silico Support)サービスは、創薬やその他関連分野における計算科学支援を目的として、当社と(株)京都コンステラ・テクノロジーズが共同で提供する受託研究・解析サービスです。

両社のコア技術・各種ソフトウェアを組み合わせることにより、高速・高精度のインシリコスクリーニング、ターゲット予測、de novoデザイン、精密ドッキング解析等の計算業務実施や、またお客様のご要望に応じた最適なソフトウェア・システムの導入支援等、優れた費用対効果でトータルに創薬研究をサポートいたします。

本サービスの利用により、従来手法と異なるアプローチ、論理的な薬物設計が可能となり、新薬開発コストの縮減、開発期間の短縮が見込め、プロジェクトを効率的に進めることが可能となります。

コア技術

PBVS ファーマコフォアベース法:
活性化合物の官能基特性を三次元ファーマコフォアモデルで表し、新規候補化合物の探索等に用います。既知活性化合物の配座解析によるリガンドベース手法とタンパク質立体構造を利用した構造ベース手法を利用することができます。
SBVS ドッキングシミュレーション法:
標的タンパク質の立体構造モデルを用いたシミュレーションにより、活性ポケットに結合する化合物を探索します。ホモロジーモデリングやMD (分子動力学)計算なども組み合わせて実施します。
CGBVS 相互作用マシンラーニング法:
既知相互作用情報を機械学習することにより、未知のタンパク‐リガンドの相互作用を予測する、独自の計算手法です。化合物探索以外に標的予測計算や化合物デザインへの応用が可能です。
当該技術は京都大学の特許技術として実用化されたものです。受託計算での実績の他、システム提供、スーパーコンピュータ「京」での実施例など多くの実績があります。
LBVS 類似化合物探索法:
分子構造や物性に基づいて既知の活性化合物に類似する化合物を探索します。高速な処理により、大規模化合物データベースを扱うことが可能です。

 

探索・最適化フェーズのサービス利用例

 

受託計算サービス基本メニューと解析例

シード探索

ファーマコフォア・スクリーニングやドッキングによるシード探索では、一次スクリーニングで候補化合物を絞り込んだ後に二次スクリーニングを実施する事で、効率的かつ精度の高い探索が可能です。また、適用範囲が広く計算処理が速いCGBVSや大規模マルチクエリ類似構造検索(MMQSS)等を他の手法と組み合わせる事も有効です。

解析例1

スクリーニング:ファーマコフォア・スクリーニング(500万化合物対象)

 

解析例2

1次スクリーニング:CGBVSまたは大規模マルチクエリ類似構造検索(500万化合物対象)

2次スクリーニング:ファーマコフォア・スクリーニング(1次スクリーニング上位1000化合物対象)

 

解析例3

1次スクリーニング:ファーマコフォア・スクリーニング(500万化合物対象)

2次スクリーニング:ドッキング解析(1次スクリーニング上位1000化合物対象)

 

シミュレーションによる検証

精密ドッキングシミュレーション

限定した数の化合物(10 個程度まで)を対象に、より精密なドッキングシミュレーションを実施します。

 

標的タンパク予測

CGBVS による標的タンパク質プロファイル予測

対象化合物に対して1000 種類以上のタンパク質について相互作用の有無を予測します。

(GPCR, Kinase, Ion Channel, Nuclear Receptor, Transporter, Protease が対象)

 

化合物デザイン

CGBVS とPSO アルゴリズムによるフラグメントベース化合物デザイン

標的タンパク質に対して親和性のある化合物構造を一からデザイン(de novo design)し、側鎖や骨格の最適な組み合わせを効率的に探索する事が可能です。(使用ソフト:CzeekD)また、ECFP フラグメントを用いた化合物構造の生成・発生なども可能です。

公開ツール「ReCGen」http://recgen.czeek.jp/recgen/

類似構造検索

大規模マルチクエリ類似構造検索(MMQSS)

公共データベース等から取得した複数の活性既知の化合物(~1000)をクエリとして用いることで、大規模な化合物データベース(~2000万)から類似化合物を網羅的に検索します。

 

その他、社内データの活用など

ホモロジーモデリング

結晶構造が解明されていない標的に対して、高相同性タンパク質の立体構造を鋳型として用い、ドッキングシミュレーションのための立体構造モデルを構築します。

 

CGBVS予測モデルのカスタム構築

社内アッセイデータ等を追加してCGBVSの予測モデルを再構築し、化合物探索計算の精度向上を図ることが可能です。

 

料金体系

ACISSサービスのご提供価格は、「基本料金」+「個別計算料」の合計額となります。契約形態としては、スポット契約(依頼毎の契約)と年間契約、専従契約のいずれかのパターンをご選択いただけます。

 

 

契約形態のパターン

基本料金(税抜)

スポット契約 年間契約 専従契約
400,000円 1,000,000円 8,000,000円
※別途、個別計算料が必要 ※別途、個別計算料が必要 ※個別計算料は不要 ※年間で1/2FTE割当

 

個別計算(税抜)の例

計算メニュー 期間 スポット契約 年間契約
高速ファーマコフォアスクリーニング 500万化合物 2週  720,000円  600,000円
ファーマコフォアスクリーニング 1万化合物 2週  360,000円  300,000円
高速ドッキングスクリーニング 200万化合物 2週  720,000円  600,000円
ドッキングスクリーニング 1万化合物 1週  360,000円  300,000円
精密ドッキング解析(フレキシブル )10化合物 2週  360,000円  300,000円
ホモロジーモデリング 鋳型配列同一性40%以上 2週  480,000円  400,000円
CGBVS化合物探索計算 500万化合物 2週  720,000円  600,000円
CGBVS標的タンパク質予想計算 1週  480,000円  400,000円
CGBVS予測モデル構築 2週  720,000円  600,000円
de novoデザイン (CGBVS×PSO/GA) 6週 1,800,000円 1,500,000円
大規模マルチクエリ類似構造検索(MMQSS) 1週  360,000円  300,000円

 

本サービスの詳細は、弊社営業部まで電話(03-6417-3695)またはWebフォームにてお問合せください。