製品概要

alvaDescは、様々な種類の分子記述子計算とフィンガープリント計算が可能な次世代のツールです。構造、位相、ファーマコフォアなどの3次元情報とは独立に約4000の分子記述子を計算することができます。これには、官能基やフラグメントのカウントから、ETA(Extended Topochemical Atom)指数やAtom-Type E-state指数などの計算が含まれます。さらに、3D自己相関、WHIM記述子(Weighted Holistic Invariant Molecular descriptors)、GETAWAY記述子(GEometry, Topology, and Atom-Weights AssemblY)などの多数の3次元記述子計算が可能です。

alvaDescは、モデルベースの物理化学的特性についても、分子屈折率、 TPSA (topological polar surface area)、分子容積推算、二種類のLogPモデル(Moriguchi 及び Ghose-Chippen octanol-water partition coefficient)など様々な指標を計算することができます。また、よく知られたLipinskiアラートを含む、drug-like 及び lead-like アラートの重要なリストも実装されています。

MACCS166 Fingerprint、Extended Connectivity Fingerprint(ECFP)、Path Fingerprint(PFP)のフィンガープリント計算を実行することができます。ECFPとPFPのカスタマイズ計算も可能で、フィンガープリントのサイズ、フラグメントの種類、次元数だけでなく、フラグメントを識別する際に考慮される原子及び結合パラメータ(原子の種類、芳香族性、結合水素原子の数、結合性等)を定義することによって調整することもできます。alvaDescのフィンガープリント計算では、フラグメントがSMARTS文字列(Daylight Chemical Information Systemsによって開発された分子の部分構造を表すための表記方法)により識別されます。

alvaDescの重要な機能の1つは、完全結合型と非完全結合型(塩やイオン等)のどちらの分子構造にも対応していることです。 全ての分子記述子計算アルゴリズムは、そのような構造の分子記述子計算のために異なる理論的手法を提供します。

alvaDescは、分子データセットの初期の解析を行うためのツールを提供します。

・PubChemサービスを使用した分子構造検証

・分子構造の可視化とフィルタリング

・主成分分析(PCA)および相関分析

 

また、多数の分子記述子を計算できることから、alvaDescには高速V-WSP法(“Ballabio, D., Consonni, V., Mauri, A., Claeys-Bruno, M., Sergent, M., & Todeschini, R. (2014). A novel variable reduction method adapted from space-filling designs. CHEMOMETRICS AND INTELLIGENT LABORATORY SYSTEMS, 136, 147-154”.)を含む変数を削減するためのツールが実装されています。

 

alvaDescはWindows及び Linux、macOSプラットフォームに対応しており、直観的操作が可能なグラフィカルインターフェイスとバッチ処理に適したコマンドラインツールの両方を利用することができます。

開発元:イタリアAlvascience srl