特徴

Dragonは、分子記述子の計算において世界中で最も使用されているアプリケーションです。新バージョンDragon7.0では、ユーザーインターフェイスの改良や新しい記述子が追加され、フィンガープリント計算や分断した構造のサポートといった機能が追加されました。

分子記述子:

Dragonは、多様な理論的アプローチをカバーした5,270もの分子記述子を計算する事ができます。これらの記述子には、原子タイプや官能基・フラグメントのカウント、位相・幾何学的な記述子、3次元記述子といったものだけでなく、物性推算(LogPなど)やドラッグライクとリードライクアラート(リピンスキーアラートなど)といったものが含まれます。
記述子計算のための多種多様な手法や理論、それらの正確性と精密性は、Milano Chemometrics and QSAR Research Groupの主管であり、Viviana Consonni教授との共著によるMolecular Descriptors for Chemoinformatics(記述子理論に関する最も包括的な参考文献)の著者であるRoberto Todeschini教授によって確認されています。

ユーザーインターフェイスとバッチ計算:

Dragonは、使いやすく直観的なグラフィカル・ユーザ・インタフェース(WindowsおよびLinu両プラットフォームに対応)と大規模なデータセットのバッチ処理のために有用なコマンドラインインターフェイスを提供します。

フィンガープリントと分子フラグメント:

Dragonは、新たに、断片化された(hashed)分子のフィンガープリント計算機能が追加されました。フィンガープリンティング処理で使用される全ての分子フラグメントの生成の他、複数のパラメータを用いたカスタマイズ機能を有します。

分析ツール:

グラフィカルなユーザーインターファイスは、計算された記述子(拡張一変量統計学, pair-wise correlation, principal component 分析)と、インポートされたユーザ定義変数(例、実験値)、およびそれらをマージしたデータセットを解析することが出来ます。

分断された構造:

バージョン7.0から、Dragonは、連結していない構造をもつ分子(例えば、塩、イオン性液体)の記述子を計算する事が出来るようになりました。このような構造に対する記述子計算アルゴリズムを拡張する、異なった理論的なアプローチを提供いたします。


機能

分子記述子

Dragon 7は, 最大5,270種の分子記述子を計算することができます.
単に原子種や官能基, フラグメントの数をカウントするだけでなく, 分子のトポロジーやジオメトリに基づく記述子や分子特性等も計算することが可能です. これらに加えて, Lipinskiの指標やドラッグライク, リードライク指標等を計算で求めることが可能です.

Dragon 7 分子記述子ブロック

バージョン 7では, 次の構成となっています. 完全リスト(txt形式)

識別ID ブロック内容 記述子数
Constitutional descriptors(構造記述子) 47
Ring descriptors(リング記述子) 32
opological descriptors(トポロジカル記述子) 75
Walk and path counts(ウォークアンドパスカウント) 46
Connectivity indices(連結指数) 37
Information indices(情報指数) 50
2D matrix-based descriptors(2Dマトリックスベース記述子) 607
2D autocorrelations(2D自己相関) 213
Burden eigenvalues(バーデン固有値) 96
10 P_VSA-like descriptors(P_VSA類似記述子) 55
11 ETA indices(ETA指数) 23
12 Edge adjacency indices(エッジ隣接指数) 324
13 Geometrical descriptors(ジオメトリカル記述子) 38
14 3D matrix-based descriptors(3Dマトリックスベース記述子) 99
15 3D autocorrelations(3D自己相関) 80
16 RDF descriptors(RDF記述子) 210
17 3D-MoRSE descriptors(3D-MoRSE記述子) 224
18 WHIM descriptors(WHIM記述子) 114
19 GETAWAY descriptors(GETAWAY記述子) 273
20 Randic Molecular profiles(Randic 分子プロファイル) 41
21 Functional group counts(官能基カウント) 154
22 Atom-centred fragments(原子中心フラグメント) 115
23 Atom-type E-state indices(原子タイプE-state指数) 172
24 CATS 2D(CATS 2D記述子) 150
25 2D Atom Pairs(2D原子ペア) 1596
26 3D Atom Pairs(3D原子ペア) 36
27 Charge descriptors(チャージ記述子) 15
28 Molecular properties(分子特性) 20
29 Drug-like indices(ドラッグライク指数) 28
30 CATS 3D(CATS 3D記述子) 300

 


記述子関連情報(旧バージョン)
Dragon 5またはdragonX 1.4で計算可能な記述子


技術情報

Dragonよくある質問

  • ・Q1.ユーザーマニュアルはありますか?
    ソフトのユーザーマニュアルは、下記の方法によりご参照ください。

    Dragon 7 起動後、画面上部のメニューより、「?」を選択し、
    「Dragon help」をクリックします。

    Webブラウザが起動され、
    「Dragon 7 user's manual」
    が表示されます。

    Graphical User Interface(GUI)などには、
    メニューやアイコン等の説明もございます。


  • ・Q2.Linux版はどのようにインストールすればよいのですか?
    以下の手順に従ってインストールを行ってください。

    ############################################################################

    fedora または ubuntu においては、インストール作業を容易に行うことができるパッケージファイル(.deb and .rpm)が利用可能です。
     <fedora>

     install
      # rpm -ivh dragon7-<version>.rpm
     uninstall
      # rpm -e dragon7-<version>

  •  <ubuntu>

     install
      # dpkg -i dragon7-<version>.deb
     uninstall
      # dpkg -r dragon7-<version>

  •   ※<version>の部分はインストールするDragonのバージョンに適宜変更してください。


    一般的なインストールに関しては、下記をご参照ください。

    ---------------
    INSTALLATION

    Dragon 7.0をあなたのlinuxマシンにインストールするには、次の作業を行ってください。

    * tarballファイルの内容を目的のディレクトリ(例: /opt/dragon7)に展開してください。

     install
      # mkdir /opt/dragon7
      # tar zxfC dragon7-<version>.tar.gz /opt/dragon7
     uninstall
      # rm -r /opt/dragon7


  • *この時に、help/ディレクトリを /usr/share/dragon7 ディレクトリにコピーすることをお勧めします。
    この操作を行わない場合は、help/ディレクトリのあるパスを含む「DRAGON7」という名前の環境変数を設定する必要があります。
     (例: 'export DRAGON7=/opt/dragon7/' または 'setenv DRAGON7 /opt/dragon7/')


    *下記を参照し、Dragon 7.0に必要なライブラリがすべて正しくインストールされていることを確認してください。
     Dragon 7.0 Graphic User Interface 依存ライブラリ:
  •  
     Dragon 7.0 Command Line Interface 依存ライブラリ:
    ---------------

    ############################################################################

 


動作環境

システム要件

サポートされたプラットフォーム
 ◎Microsoft Windows (7, 8.1 および10)
 ◎Linux(Fedora Core 23, Ubuntu 14.04)

使用コンピュータの変更などの理由により, ライセンスファイル(registration file)の再発行をご希望の方は, 弊社までお問い合わせください.


価格

Dragon 7 販売価格

Dragon single commercial permanent

   :お問い合わせください

Dragon single commercial rent

   :お問い合わせください

Dragon site commercial permanent

   :お問い合わせください

Dragon site commercial rent

   :お問い合わせください

Dragon academic permanent(to be installed on 3 PCs)

   :お問い合わせください

Upgrade from Dragon Old version

   :お問い合わせください

Dragon for CzeekS/CzeekD users

   :お問い合わせください

重要:
Dragonはダウンロード版のみのご提供となります. ご注文時にご登録いただいた電子メールアドレス宛に、ダウンロードサイトの情報が, 開発元より直接連絡されます.
上記価格は予告なく変更する場合があります.


評価用ライセンス

Dragonの評価用ライセンスをご利用いただけます(評価期間2週間程度)。
ご希望される方は、電子メールに次の情報(日本語&英語)をご記入いただき、info_at_affinity-science.comまでお申し付けください(_at_を@に置き換えてください)。

◎氏名(Name)
◎ご所属(Organization)
◎住所(Address)
◎電話(Phone)
◎メールアドレス(Email)
◎MACアドレス(MAC Address)

通常ライセンスについて

◎single license:
Dragon(WindowsまたはLinux版)を, ユーザ登録時に指定した住所内の1台のコンピュータにインストールすることができます. ユーザ登録時に指定した住所からであれば, SSH, RSH, Telnet等によるリモートアクセスが可能です.

◎site license:
Dragon(WindowsまたはLinux版)を, ユーザ登録時に指定した住所(サイト)内の複数のコンピュータにインストールすることができます. ユーザ登録時に指定した住所からであれば, SSH, RSH, Telnet等によるリモートアクセスが可能です.

◎permanent license :
ライセンス期間は, 無期限です. 一年間のメンテナンスサービス(開発元による電子メールサポート, バグ修正を主としたマイナーリリース無償アップデート)が提供されます.

◎rent license:
ライセンス期間は, 1年間です. ライセンス期間中は, メンテナンスとアップデートサービス(メジャーリリース無償アップデート)が提供されます.

◎academic license:
大学機関向けライセンスで, 知的財産を含む研究結果がパブリックドメインとして扱われる研究に対して適用することができます. Dragon(WindowsまたはLinux版)を, ユーザ登録時に指定した住所(サイト)内の3台のコンピュータにインストールすることができます. ユーザ登録時に指定した住所からであれば, SSH, RSH, Telnet等によるリモートアクセスが可能です.


関連書籍 Molecular Descriptors for Chemoinformatics

Roberto Todeschini and Viviana Consonni
WILEY - VCH, 2009
2 Volumes, 1257 Pages
ISBN-10: 3-527-31852-6
ISBN-13: 978-3-527-31852-0
in the Series of Methods and Principles in Medicinal Chemistry - Volume 41
(Eds. R. Mannhold, H. Kubinyi, H. Timmerman)

3,300を超える分子記述子の解説と6,000超の文献情報を備えた分子記述子辞典です.
詳しくは, こちら(wiley-vch社サイト)をご確認ください.

注意, Dragonはこの辞典内の全記述子を計算できるわけではありません.
ただし, Dragonで計算可能な記述子はすべてこの辞典に掲載されています.