技術情報

GUIとバッチ計算用CUI

Dragonは、使いやすく直観的なグラフィカル・ユーザ・インタフェースと大規模なデータセットのバッチ処理に適したコマンドライン・ユーザ・インターフェイスから利用することができます(WindowsおよびLinux両プラットフォームに対応)。また、ユーザーは追加費用なしでKnime用エクステンションを利用することも可能です。

フィンガープリントと分子フラグメント

Dragonは、新たに、断片化された(hashed)分子のフィンガープリント計算機能が追加されました。フィンガープリンティング処理で使用される全ての分子フラグメントの生成の他、複数のパラメータを用いたカスタマイズが可能です。

分析ツール

グラフィカルなユーザーインターファイスは、計算された記述子(拡張一変量統計学, pair-wise correlation, principal component 分析)と、インポートされたユーザ定義変数(例、実験値)、およびそれらをマージしたデータセットを解析することが出来ます。

分断された化学構造のサポート

バージョン7.0から、Dragonは、連結していない構造をもつ分子(例えば、塩、イオン性液体)の記述子を計算する事が出来るようになりました。このような構造に対する記述子計算アルゴリズムを拡張する、異なった理論的なアプローチを提供いたします。

分子記述子

Dragon 7は, 最大5,270種の分子記述子を計算することができます.単に原子種や官能基, フラグメントの数をカウントするだけでなく, 分子のトポロジーやジオメトリに基づく記述子や分子特性等も計算することが可能です. これらに加えて, Lipinskiの指標やドラッグライク, リードライク指標等を計算で求めることが可能です.

Dragon 7 分子記述子

バージョン 7で計算可能な記述子は, 次のブロック構成となっています. 完全リスト(txt形式)

識別ID ブロック内容 記述子数
Constitutional descriptors(構造記述子) 47
Ring descriptors(リング記述子) 32
opological descriptors(トポロジカル記述子) 75
Walk and path counts(ウォークアンドパスカウント) 46
Connectivity indices(連結指数) 37
Information indices(情報指数) 50
2D matrix-based descriptors(2Dマトリックスベース記述子) 607
2D autocorrelations(2D自己相関) 213
Burden eigenvalues(バーデン固有値) 96
10 P_VSA-like descriptors(P_VSA類似記述子) 55
11 ETA indices(ETA指数) 23
12 Edge adjacency indices(エッジ隣接指数) 324
13 Geometrical descriptors(ジオメトリカル記述子) 38
14 3D matrix-based descriptors(3Dマトリックスベース記述子) 99
15 3D autocorrelations(3D自己相関) 80
16 RDF descriptors(RDF記述子) 210
17 3D-MoRSE descriptors(3D-MoRSE記述子) 224
18 WHIM descriptors(WHIM記述子) 114
19 GETAWAY descriptors(GETAWAY記述子) 273
20 Randic Molecular profiles(Randic 分子プロファイル) 41
21 Functional group counts(官能基カウント) 154
22 Atom-centred fragments(原子中心フラグメント) 115
23 Atom-type E-state indices(原子タイプE-state指数) 172
24 CATS 2D(CATS 2D記述子) 150
25 2D Atom Pairs(2D原子ペア) 1596
26 3D Atom Pairs(3D原子ペア) 36
27 Charge descriptors(チャージ記述子) 15
28 Molecular properties(分子特性) 20
29 Drug-like indices(ドラッグライク指数) 28
30 CATS 3D(CATS 3D記述子) 300

 

Dragon 6 分子記述子

旧バージョン6.0で計算可能な記述子