製品概要

LigandScout は、ファーマコフォア(薬理作用団)モデルに基づく、インシリコスクリーニング用統合ソフトウェアです。ファーマコフォアは分子間の相互作用に関連する化学要素の3次元配置で表され、化合物ライブラリからこの特徴に一致する候補化合物を高速・高精度に絞り込む事ができます。ロバストなアライメント(重ね合せ)アルゴリズムが採用されており、構造ベースとリガンドベースの二通りの手法を用いてファーマコフォアモデルを作成する事が可能です。

これらの機能は、長年の経験に基づき、入念に設計されたグラフィカルユーザインターフェイスから利用することができます。また、採用されているアルゴリズムは、開発グループのファーマコフォア研究における定評のある知見に基づいており、科学的に有効性が確認されています。

開発元:オーストリア inte:Ligand GmbH

 

機能比較

利用可能な機能 Essential Advanced Advanced
+Knime
Expert
構造ベースファーマコフォア・モデリング
リガンドベースファーマコフォア・モデリング
スクリーニング用ライブラリ生成
バーチャルスクリーニング
モデル・バリデーション(ROC曲線自動描画)
テーブル機能(フィルタリング他)
3D配座生成
互変異生体生成
ファーマコフォアベース・クラスタリング
アライメント(ファーマコフォアベース)
結合ポケット探索  
低分子ドッキング(Autodock/Vina)  
リガンド結合エネルギー計算  
アポサイト・ファーマコフォア生成  
MDトラジェクトリ解析  
LigandScout Knime Extensions    
クラウド対応      
活性プロファイリング/毒性予測       ask
スクリーニング用化合物ライブラリ       ask

 

リファレンス

Wolber, G.; Dornhofer, A. A.; Langer, T.; Efficient overlay of small organic molecules using 3D pharmacophores J. Comput. Aided Mol. Des.; 2007; 20(12); 773-788. DOI: 10.1007/s10822-006-9078-7

Wolber, G.; Langer, T.; LigandScout: 3-D Pharmacophores Derived from Protein-Bound Ligands and Their Use as Virtual Screening Filters. J. Chem. Inf. Model; 2005; 45(1); 160-169. DOI: 10.1021/ci049885e