主な機能

構造ベースファーマコフォア・モデリング

  • 複合体構造からリガンド周辺構造を考慮したファーマコフォアモデルの自動生成
  • ジオメトリ、辞書およびルールに基づくリガンド自動認識
  • 動的に連動した3D/2D分子ビューと階層ビュー、化合物ライブラリビュー
  • タンパク-リガンド相互作用の2D表示機能(構造式表示)
  • 共通ファーマコフォアの作成(Merged/Shared)
  • 補因子、イオン、水分子、金属結合(Fe, Mg, Zn, Mn)の考慮
  • ドッキング機能(Autodock/Vinaビルトイン)
  • 結合自由エネルギー予測
  • リガンド構造調整(簡易分子モデリング機能)
  • 水分子および補因子をリガンド、または高分子の一部として扱うことが可能
  • MMFF94力場による構造最適化
  • ファーマコフォア生成パラメータの調整機能(上級ユーザ向け)
  • 多数の分子ファイル形式(SMILES, SDF, MOL2, SMI etc.)と画像ファイル形式(EPS, PDF, JPG, PNG etc.)をサポート
  • 互変異性体の生成
  • アポタンパクモデリング
  • MDトラジェクトリファイルの読み込みと解析、動的ファーマコフォアの生成

リガンドベースファーマコフォア・モデリング

  • 活性化合物の構造情報からファーマコフォアモデルを生成
  • ファーマコフォアに基づく化合物の分類(クラスタリング)
  • 配座発生プログラムiCon、配座解析
  • 分子アライメント
  • スコア関数(Pharmacophore-Fit, Atom sphere overlap, Gaussian shape similarity etc.)
  • 排除体積の自動生成
  • 分子記述子計算(MW, cLogP, TPSA etc.)
  • SMARTSパターンによるユーザー定義要素
  • 類似化合物検索(Online PDB Lookup)

スクリーニング

  • ファーマコフォアクエリによる高速・高精度スクリーニング
  • モデル評価のためのROC曲線や濃縮係数(EF値)の算出
  • パラレルスクリーニング機能(ブール式によるクエリ条件設定)
  • スクリーニングモード(Match all query features, Fragment screening)

KNIME拡張

  • LigandScoutの多数の機能をKNIME環境(www.knime.org)で利用可能
  • リガンド・プロファイリング
  • 毒性予測