idbgenの実行例

idbgenは、スクリーニング用の配座データベースを構築するツールです。
この機能はGUIから利用できないため(現行版v3.03b)、CLI(コマンドラインインターフェイス)から、直接idbgenコマンドを実行する必要があります。

以下に、Windows版LigandScoutを例として、SMILESファイルをDBファイル(拡張子 .ldb)に変換する手順を示します。

1. 任意のディレクトリに入力ファイルを保存します(対応ファイル形式:SDF, SMILES, MOL2, LDB)。
(例. C:\Ligandscout-Libraries\PCL2.smi)



2. Shiftキーを押しながら、右クリックを押し、コンテクストメニューを開きます。その中から、"コマンドウィンドウをここで開く(W)"をクリックします。



3. Windows コマンド プロセッサ(cmd.exe)が起動します。プロンプト(>)の右側に文字列を入力し、Enterキーを押すことで、コマンドを実行することが出来ます。dirコマンドで、入力ファイルPCL2.smiが存在することを確認し、-i オプション、-o オプションで入出力ファイルを指定し、idbgenを実行します。


 C:\Program Files (x86)\ligandscout\idbgen.exe -i PCL2.smi -o PCL2.ldb


<注意> 32bit-Windows環境の場合、idbgenは通常下記フォルダに格納されています。インストールパスに応じて、適宜変更してください。

C:\Program Files\ligandscout\idbgen.exe



4. idbgenが実行され、最後に"idbgen finished successfully."と出力されれば正常終了です。-o オプションで指定したDBファイルが新しく生成されます。



配座発生等に問題があった場合、ログファイルPCL2-failed.logにより、確認することができます。
idbgenコマンドのオプション詳細は、Helpオプションを参照してください。ヘルプ出力例(txt形式)



 C:\Program Files (x86)\ligandscout\idbgen.exe -h

(2012/03/22)