Q.sdfファイルをロードした際、化合物IDが表示されません

A.

Dragonでは、sdfファイルの一行目にある文字列を読み取り化合物名(Name)としています。
sdfの座標情報以降に記載されている個別のデータフィールドは認識することができません。
まず初めにsdfファイルの各化合物情報冒頭に化合物名が記入されているかどうかをご確認ください。

例:水分子(sample1.sdf, sample2.sdf


化合物名が空欄になっている場合は、テキストエディタで直接入力するか、外部ツール等を用いて化合物名を付与する必要があります。
ここではフリーソフト「Data Warrior」 を用いる方法を紹介します。
http://www.openmolecules.org/datawarrior/download.html
より、お使いのOSに合わせて、Data Warriorをダウンロードしてください。

 

Data Warriorを起動し、[File] > [Open] からsample1.sdfを読み込ませると次のように表示されます。
個別のデータフィールドである"Molecule Name"が認識されていることを確認します。

 

続いて、[File] > [Save Special] > [SD-File]から、sdf形式での保存を行います。
任意のファイル名で保存先を決定すると、保存形式のダイアログが表示されます。
ここで、"Compound name column"の項目を"Molecule Name"に設定して保存します。


作成されたsdfファイルの一行目に"Water"と入力されていれば、Dragonにロードした際、Nameとして表示されるようになります。

2018年04月10日