Q.キーボード・マウスの基本的な使い方は?

※以下の内容は主にWindows版を対象としています。 

Linux, Mac, Android版についてはユーザーマニュアルをご確認ください。

オブジェクトの移動

<Key>
Shift 移動させるObjectの変更(1つ進む [ 例:Obj all → Obj 1 → Obj 2 → Obj 3... ])
Ctrl + Shift 移動させるObjectの変更(1つ戻る)
カーソルキー X/Y軸方向へのObjectの移動
※以下のキーは低分子buildモードでは使えません。
1~9 (テンキー不可) Object及びScene移動速度の変更(1:遅~9:速)
Q,W,E,R,T,Y Object及びSceneの移動(Q・W=X軸方向,E・R=Y軸方向,T・Y=Z軸方向)
Ctrl+1~9 (テンキー不可) Object及びScene回転速度の変更(1:遅~9:速)
A,S,D,F,G,H Object及びSceneの回転(A・S=X軸中心,D・F=Y軸中心,G・H=Z軸中心)
Z,X,C,V,B,N Object及びSceneの自動回転(Z・X=X軸中心,C・V=Y軸中心,B・N=Z軸中心)

<マウス>
左ドラッグ + マウス移動 Object及びSceneのX/Y軸方向での回転
Ctrl + 左ドラッグ + マウス移動 選択中の原子を中心としたObject及びSceneのX/Y軸方向での回転
左右ドラッグ(同時) + マウス移動 Object及びSceneのX/Y軸方向への移動(※ホイールボタンをドラッグしても同様)
右ドラッグ + マウス移動 Object及びSceneのZ軸方向への移動
[ラベル上で]左クリック ラベルの選択
Ctrl + 右ドラッグ + マウス移動 マークされたラベルのサイズ変更
[ラベル上で]ホイールボタンクリック ラベルの向きをデフォルトにリセット

 

Sceneスタイルの変更

F1 or Alt+1 Sceneスタイルを"ball"に変更
F2 or Alt+2 Sceneスタイルを"ball & stick"に変更
F3 or Alt+3 Sceneスタイルを"stick"に変更
F4 or Alt+4 Sceneスタイルを"Calpha trace"に変更
F5 or Alt+5 Sceneスタイルを"tube"に変更
F6 or Alt+6 Sceneスタイルを"ribbon"に変更
F7 or Alt+7 Sceneスタイルを"cartoon"に変更
F8 or Alt+8 側鎖の表示方法切り替え [ 例:hide → stick → ball&stick ]
HUD上の"VISibility"列を左クリック クリックしたObject等の表示・非表示の切り替え
HUD上の"VISibility"列を右クリック クリックしたObject等のみを表示し、その他はすべて非表示に変更

 

編集

Delete マークしたAtomやラベルの削除
Alt+左クリック(個別のAtom) 最後のコマンドの繰り返し(デフォルトがKDEの場合は代わりにTabを使用)
Alt+左クリック(sequence selector上) 最後のコマンドの繰り返し(デフォルトがKDEの場合は代わりにTabを使用)
Ctrl+Z or Ctrl+U 操作を一つ戻す(Undo)
Ctrl+R 操作を一つ進める(Redo)
※sequence selector:YASARA操作画面の下部にカーソルを合わせると表示されるResidue一覧のこと。

 

Soupの分析

Insert or I HUD(head up display)の表示・非表示切り替え
Ctrl+Insert or Ctrl+I 右HUDの表示情報切り替え
左クリック(個別のAtom) Atomをマークする(HUDにプロパティが表示される)
左クリック(sequence selector上) クリックしたResidue中のAtomをマークする
PageDown or ホイールボタン下回転 現在マークしているAtomの、一つ次の番号のAtomをマークする
PageUp or ホイールボタン上回転 現在マークしているAtomの、一つ前の番号のAtomをマークする
Ctrl+左クリック(複数のAtom) マークされた原子の距離(distance)・角度(angle)・二面角(dihedral)の情報を表示
Ctrl+左クリック(sequence selector上) クリックしたResidueへズームする
Ctrl+右クリック(個別のAtom) Atom向けコンテクストメニューの表示
Ctrl+右クリック(sequence selector上) Residue向けコンテクストメニューの表示
Home 一つ前の charge 及び bond の概要を表示する(simulation HUD)
End 一つ後の charge 及び bond の概要を表示する(simulation HUD)
[sequence selector上]任意の英字キー 入力された文字(1文字)に対応するアミノ酸をResidue中から探索する
(ポインタがsequence selector上にある時のみ有効)
[sequence selector上]Ctrl+V クリップボード上の文字に対応するアミノ酸をResidue中から探索する
(ポインタがsequence selector上にある時のみ有効)
※sequence selector:YASARA操作画面の下部にカーソルを合わせると表示されるResidue一覧のこと。

 

低分子Buildingモード

YASARAトップメニューにあるベンゼン環の形をしたボタンをクリックすると低分子Buildingモードに切り替わり、以下のキー操作が有効になります。
T 全bondの再割当
L 全ObjectへのClean実行

・1つ以上のAtomをクリックで指定(マーク)している場合、以下の操作に変更されます。
T マークされたResidue中におけるbondの再割当
L マークされたObjectへのClean実行


・1つのAtomのみをクリックで指定(マーク)している場合、以下の操作で別の元素に変更することができます。
(水素の付加や結合距離などは自動的に調整されます。)

H マークされているAtomを「水素(hydrogen)」に変更
C マークされているAtomを「炭素(carbon)」に変更
N マークされているAtomを「窒素(nitrogen)」に変更
O マークされているAtomを「酸素(oxygen)」に変更
F マークされているAtomを「フッ素(flourine)」に変更
P マークされているAtomを「リン(phosphorus)」に変更
S マークされているAtomを「硫黄(sulfur)」に変更
I マークされているAtomを「ヨウ素(iodine)」に変更


・2つのAtomをクリックで指定(マーク)している場合、以下の操作でBondの変更やブリッジ構造の作成ができます。
(水素の付加や結合距離などは自動的に調整されます。)

1 マークされたAtom間のBondを"single bond"に変更
2 マークされたAtom間のBondを"double bond"に変更
3 マークされたAtom間のBondを"triple bond"に変更
4 マークされたAtom間のBondを"quadruple bond"に変更
5 マークされたAtom間のBondを"resonance bond with order 1.5"に変更
C マークされたAtom間に炭素ブリッジを作成
N マークされたAtom間に窒素ブリッジを作成
O マークされたAtom間に酸素ブリッジを作成
P マークされたAtom間にリンブリッジを作成
S マークされたAtom間に硫黄ブリッジを作成

 

シミュレーション制御

F9 or Alt+9 全エネルギーの計算、及びHUD(simulation parameters)への結果表示
F10 or 0 シミュレーション温度管理の変更(一つ進む)
Ctrl+F10 or Ctrl+0 シミュレーション温度管理の変更(一つ戻る)
F11 or 0の一つ右側のキー シミュレーションの一時停止
Ctrl+F11 一時停止中のシミュレーションを1ステップだけ進める
F12 or 0の二つ右側のキー シミュレーションの実行・停止の切り替え
1~9 (テンキー不可) 引き寄せる強さの変更(1:弱~9:強)
Ctrl+右ドラッグ マークしている原子をマウスポインタの方向に引き寄せる(シミュレーション中)
Ctrl+左右ドラッグ マークしている原子を含むObjectをマウスポインタの方向に引き寄せる(シミュレーション中)
Ctrl+ ホイールボタンドラッグ マークしている原子を含むObjectをマウスポインタの方向に引き寄せる(シミュレーション中)

 

コンソールの使用

スペースキー コンソールを展開する
スペースキー(二回連続) コンソール画面をフルサイズにする
リターン(エンター)キー (何も入力していない状態の場合のみ)コンソールを閉じる
マウス左ボタン テキストの選択、およびクリップボードへのコピー
Ctrl+A 全テキストの選択、およびクリップボードへのコピー
ホイールボタンクリック クリップボードのテキストを貼り付ける
Ctrl+V クリップボードのテキストを貼り付ける
PageUp コンソールを1ページ下げる
PageDown コンソールを1ページ上げる
ホイールボタン上回転 コンソールを半ページ下げる
ホイールボタン下回転 コンソールを半ページ上げる
Ctrl+上カーソルキー コンソールを一行だけ下げる
Ctrl+下カーソルキー コンソールを一行だけ上げる
上カーソルキー コマンド履歴から一つ前のものを表示する
下カーソルキー コマンド履歴から一つ後のものを表示する
Home カーソルをラインの最初に移動
End カーソルをラインの最後に移動
Ins HUDの表示・非表示切り替え
Ctrl+Ins HUDの表示項目切り替え

 

その他

Pause or P YASARAの一時停止
Ctrl+Pause or Ctrl+P 一時停止中のYASARAを1ステップだけ進める
Ctrl+M 最後のマクロまたはムービーを再実行

 

トップメニュー上のボタンについて

Building small molecules 低分子Buildingモードへの切り替え
Rectangular selection 長方形状にAtomを選択
Lasso selection 輪状にAtomを選択
Undo 操作を一つ戻す
Redo 操作を一つ進める
New scene Soupをすべて削除し、新しいSceneを始める
Open scene Sceneファイルを開く
Save scene Sceneファイルを上書き保存する(Sceneの読み込みや保存を行った後のみ有効)
Fit to screen Sceneを画面いっぱいに収まるように移動させる
Jump back ラベルが含まれているマクロやムービーを、一つ前のラベルに戻す
Jump forward ラベルが含まれているマクロやムービーを、一つ次のラベルに進める
Autorotate Z軸中心でSceneを回転させる
2018年12月27日