特徴

YASARAは、Windows, Linux, Mac OS X, Android上で利用可能な分子の可視化・モデリング・シミュレーションのためのプログラムです。

YASARAは、標準的なPCで巨大タンパクの可視化やインタラクティブなシミュレーションをリアルタイムで実現可能なPVL言語(Portable Vector Language)が採用されており、画面上で生体高分子を直感的に取り扱うことが可能です。これにより、分子動力学計算や低分子ドッキング、ホモロジーモデリングといった機能をストレスなく利用することが出来ます。

YASARAに実装されている全ての手法は、査読付き論文で詳述されており学術的な裏付けが与えられています。フリー版のYASARA View、上位版のYASARA Model, YASARA Dynamics, YASARA Structure, YASARA NMR Moduleの5つのソフトウェアとYASARA/WHAT IF Twinsetの1つのオプションで提供されます。

開発元:オーストリア YASARA Biosciences GmbH

グレードと機能

ソフトウェア名 分子グラフィックス 分子モデリング 分子動力学計算 構造予測・ドッキング NMR構造決定
YASARA View        
YASARA Model      
YASARA Dynamics    
YASARA Structure  
YASARA NMR Module        

※YASARA NMR Moduleは、YASARA Structureのアドオンモジュールです。

 

YASARA View 主な機能

  • 高解像度分子グラフィックス(全シーン・アンチエイリアシング)
  • 最新のGPUシェーダー機能をサポート
  • 平行・透視投影
  • ボックス/フリーハンド/輪なわ/球による選択ツール
  • 70種類超の分子ファイル形式をサポート(OpenBabelに基づく)
  • RCSBまたはPDB_REDOからPDBファイルダウンロード機能
  • CPK/球&スティック/スティック/トレース/チューブ/リボン・カートゥーン/ラベル/矢印等の一般的な表示機能
  • 二次構造モーフィング機能
  • シーンビュー作成・タブ切り替え
  • レイトレーシング機能
  • PDBファイルの配列保存およびクオリティ指標に基づくカラーリング(HSSP/PDBFinder2による自動マッピング)
  • 構造および構造集合体の重ね合わせ、RMSD計算
  • 構造または配列に基づく複数タンパクのアライメント
  • 距離/角度/二面角の計測
  • 原子/残基/ペプチド鎖/変異アミノ酸の構築
  • コンタクト/水素結合/疎水性/πーπ/カチオンーπ相互作用の可視化
  • ナンセンス/1D/2D分子から3D構造の構築および3Dから2D構造式への変換機能
  • フラクショナル結合次数、欠損水素原子の自動アサインメント、ヘテロ多環構造のグラフ理論に基づくタイピング
  • B-factorおよび占有率の解析と変更、原子および残基のリネーム・リナンバー
  • Pythonスクリプトによる機能拡張・連携
  • eラーニング機能(インタラクティブチュートリアル)

YASARA Model 主な機能

  • YASARA Viewの全機能をサポート
  • 立体視スクリーンまたはシャッターグラスによる没入型OpenGL 3Dステレオグラフィックス
  • 分子アニメーション機能
  • アニメーションのMPEG形式エンコード、Powerpoint貼り付け機能
  • Powerpoint/OpenOffice Impressインポート機能
  • 各種座標編集機能(センタリング、統合、変形、複製、フラグメント移動)
  • タンパク二次構造解析
  • 低分子自動アライメント機能(最大フラグメントへの重ね合わせによる)
  • 原子グループ間の距離/角度/二面角の計測
  • 距離/角度/二面角の変更
  • フラクショナル結合次数および水素付加時のpH選択(0から14)
  • van der Waals表面/分子および溶媒接触表面の表示と計算、体積計算、キャビティ表示
  • インタラクティブな切断面の作成
  • cisペプチド結合および誤った立体異性体の確認
  • 解析結果のテーブル出力機能(Excelにインポート可能)
  • マクロの記録またはテキストエディタによる編集
  • GUIからのバッチ処理
  • 特別入力デバイスのサポート(SpaceBallなど)
  • 無制限のアンドゥ/リドゥ

YASARA Dynamics 主な機能

  • YASARA ViewおよびModelの全機能をサポート
  • シミュレーション前処理(タンパク・クリーニング、pKa予測、プロトネーション、ウォーター・セル調整)
  • CPUおよびGPU計算(Mac OS X非対応)に対応した高速分子動力学計算アルゴリズム
  • AMBERおよび新規独自力場(NOVA, YAMBER)、ユーザ定義にも対応
  • 長距離静電相互作用(PME法)の高精度な取り扱い
  • 複数CPU・CPUコアを利用した並列処理
  • 結合長・水分子(LINCSおよびSETTLE法)の拘束条件
  • エネルギー・結合エネルギー・溶媒和エネルギーの計算(Poisson-BoltzmannまたはPME法)
  • シミュレーションのインタラクティブ操作(原子または分子の移動、束縛条件の追加、力場の切替など)
  • 静電ポテンシャルの計算(Poisson-BoltzmannまたはPME法)と可視化
  • ボタン操作によるシミュレーション実行(GAFF力場・AM1BCC/AutoSMILES/RESP電荷等のリガンド自動アサイン)
  • 膜タンパクのシミュレーション支援UI
  • ホモロジーモデル・リファイメントのcisペプチド結合および誤った立体異性体の自動訂正
  • MDシミュレーション自動レポート機能(高品位プロット図を含む)
  • YAPAC(MOPAC派生プログラム)を用いた半経験的MNDO/AM1/PM3法による構造最適化および解析機能
  • 配座間のトラジェクトリ解析、時間平均・RMSD・RMSF・RDFおよび動的な相互相関行列の計算
  • トラジェクトリファイル(Sim・MDCrd・XTCファイル形式)の読み込み・書き込み
  • オリゴ糖構築機能(段階的なエネルギー最小化)

YASARA Structure 主な機能

  • YASARA View、ModelおよびDynamcsの全機能をサポート
  • 低分子ドッキング機能(AutoDock/VINA)
  • 側鎖ロータマーの予測(グラフ理論とdead-end eliminationアルゴリズムの組み合わせに基づく)
  • ループモデラー(知識ベース)
  • 新規独自力場(YASARAおよびYASARA2)
  • ホモロジーモデリング機能(レポート生成)
  • 水素結合ネットワーク(pH依存)の最適化
  • BLASTおよびPSI-BLASTビルトイン(データベース自動更新SwissProt/UniRef90/PDB/PDBC)
  • 二次構造予測(PsiPredおよびDSC)
  • 実験で得られた構造およびモデル構造の品質評価のための拡張的な構造妥当性検証機能
  • ねじれ構造アライメント機能
  • バレンス・スキャン機能による金属結合サイトの予測と可視化

YASARA NMR Module 主な機能

  • YASARA Structureのアドオン・モジュール
  • NMRによるタンパク立体構造解析支援ツール
  • X-PLOR形式対応
  • リアルタイム構造生成および問題領域の解析

WHAT IF/YASARA Twinset 主な機能

  • WHAT IFおよびYASARA DynamicsまたはYASARA Structureのジョイント・パッケージ
  • 構造のバリデーションに広く利用されているWHAT IFをYASARAのUIから利用可能
  • YASARA DynamicsまたはYASARA StructureおよびWHAT IFライセンシーは無償で利用可能

 

技術情報

 

動作環境・対応OS

  • Windows
  • Linux
  • Mac OS X
  • Android(Google Play Storeより入手可能)

 

価格

YASARA View

無料

YASARA Model

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YASARA Dynamics

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YASARA Structure

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YASARA NMR Module

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YASARA/WHAT IF Twinset

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※一般企業/官公庁/教育機関向けの3形態のライセンス
YASARA NMR Moduleは, YASARA Structureのアドオンモジュールです.
YASARA/WHAT IF Twinsetを利用するには, 外部ソフトウェアWHAT IFのライセンスが別途必要です.
アップデートを含む年間保守サービス(有償)もご提供可能です.

 

ライセンス形態・保守サービス

オペレーティングシステムについて
YASARAライセンスは、一般に、Linux、MacOSX、Windows、Android(Intel)のすべてのオペレーティングシステムをカバーしているため、YASARAを複数購入する必要はありません。 但し、MacOSX版を追加する場合のみ、約20%の追加料金がかかります。
マルチ・ユーザーライセンスについて
ユーザーのPCとノートブックにYASARAをインストールする場合は、その使用者がただ一人であればシングル・ユーザーライセンスで問題ありません。 YASARAを複数のPCで、かつ複数人が使用する場合は、マルチ・ユーザーライセンスを購入する必要があります。マルチユーザーライセンスには、次の4つのオプションがあります。
(1)グループリーダー・ライセンス
このライセンスはシングルライセンスの2倍の料金がかかりますが、1つの研究グループに属する無制限の数のコンピュータにYASARAをインストールし使用することができます(旅行中または自宅での使用も可)。 ダウンロードとサポートのために、グループリーダーとグループメンバー用の2つの電子メールアドレスを登録することができます。
(2)マルチ・ライセンス
Nユーザー数分の複数ライセンスを購入すると、ダウンロードとサポート用にN個の電子メールアドレスを登録することができます。 1つの大学または企業の複数の独立した研究者がYASARAを用いた共同研究を行いたい場合などにこちらのライセンスをお選びいただけます。 初回購入時のマスターライセンスにのみUSBスティックと小冊子が付属しますが、追加料金を支払うことで、複数ご提供することも可能です。購入後は、各ライセンスは独立したライセンスとして扱われます。
(3)マルチ・グループリーダー・ライセンス
1つの大学または企業の(おそらく所在地が異なる)複数の研究グループがYASARAを使用する場合に、選ばれるライセンスです。 N個のグループリーダー・ライセンスでは、ダウンロードとサポートのために2*N個の電子メールアドレスを登録することができます。初回購入時のマスターライセンスにのみUSBスティックと小冊子が付属していますが、追加料金を支払うことで、複数ご用意することも可能です。初回購入後、各グループリーダー・ライセンスは独立したライセンスとして扱われます。
(4)アンリミテッド・ライセンス
大学や製薬会社のすべての研究グループ(おそらく所在地が異なる)でYASARAを使用することができるライセンスです。保守期間(ダウンロードとサポート)の延長に対しても割引が適用されます。詳細はお問い合わせください。
アカデミックライセンスと商業機関向けライセンス
学術機関の自由でオープンな研究を促進するために、学術ライセンスの価格は大幅に抑えられています。学術機関でも営利目的でYASARAを使用し、研究を行う場合は、商用ライセンスが必要になります。これには、特許の出願や民間企業との共同研究なども含まれます。
Webサーバー・ライセンスについて
YASARAをWebサーバーの一部としてインストールして、誰でも自由に使用できるようにするライセンスも提供されています。詳細については、お問い合わせください。
バージョン更新とサポートサービスの更新について
YASARAライセンスの購入時、保守期間(バージョン更新とサポート)を年単位で延長することができます。 初回購入時に保守の延長をしなかったり、保守を更新しなかった場合、1年間を過ぎるとバージョンの更新とサポートサービスを利用することができなくなります。 サポート終了後は、アカデミック版および商用版永久(perpetual)ライセンスは通常通り動作しますが、通常の非永久版商用ライセンスは、動作速度が遅くなり、スプラッシュ画面が表示されるようになります。 ただし、YASARA形式のフォーマットで保存されたデータにアクセスして変換するなど、すべての機能を使用することができます。商用版永久ライセンスの詳細につきましては、 弊社までお問い合せください。 ライセンス期間内に保守の更新を見送り、しばらくした後に保守の再開を希望される場合は、新規ライセンスを購入する必要があります(但し、割引が適用される場合もあります)。
ライセンスの変更について
いつでもYASARAのライセンスを増やすことができます(例えば、YASARA DynamicsからYASARA Structure、シングルユーザーからグループリーダーなどへ)。 この場合、ライセンス経過時間を考慮した差額が請求されます。
更新価格の保証について
保守更新の年間費用は、初年度初期費用の37.5%以下になることが保証されています。新規購入時に保守(ライセンス)期間を延長された場合、追加分の年間費用は初年度費用の27.5%に抑えられます。アフィニティサイエンスからの料金は、為替変動等の影響を受けるため、多少増減することがありますが、基本的にはこのルールに基づき、料金設定されています。

 

スクリーンショット