主要な機能

YASARA View 主な機能

  • 高解像度分子グラフィックス(全シーン・アンチエイリアシング)
  • 最新のGPUシェーダー機能をサポート
  • 平行・透視投影
  • ボックス/フリーハンド/輪なわ/球による選択ツール
  • 70種類超の分子ファイル形式をサポート(OpenBabelに基づく)
  • RCSBまたはPDB_REDOからPDBファイルダウンロード機能
  • CPK/球&スティック/スティック/トレース/チューブ/リボン・カートゥーン/ラベル/矢印等の一般的な表示機能
  • 二次構造モーフィング機能
  • シーンビュー作成・タブ切り替え
  • レイトレーシング機能
  • PDBファイルの配列保存およびクオリティ指標に基づくカラーリング(HSSP/PDBFinder2による自動マッピング)
  • 構造および構造集合体の重ね合わせ、RMSD計算
  • 構造または配列に基づく複数タンパクのアライメント
  • 距離/角度/二面角の計測
  • 原子/残基/ペプチド鎖/変異アミノ酸の構築
  • コンタクト/水素結合/疎水性/πーπ/カチオンーπ相互作用の可視化
  • ナンセンス/1D/2D分子から3D構造の構築および3Dから2D構造式への変換機能
  • フラクショナル結合次数、欠損水素原子の自動アサインメント、ヘテロ多環構造のグラフ理論に基づくタイピング
  • B-factorおよび占有率の解析と変更、原子および残基のリネーム・リナンバー
  • Pythonスクリプトによる機能拡張・連携
  • eラーニング機能(インタラクティブチュートリアル)

 

YASARA Model 主な機能

  • YASARA Viewの全機能をサポート
  • 立体視スクリーンまたはシャッターグラスによる没入型OpenGL 3Dステレオグラフィックス
  • 分子アニメーション機能
  • アニメーションのMPEG形式エンコード、Powerpoint貼り付け機能
  • Powerpoint/OpenOffice Impressインポート機能
  • 各種座標編集機能(センタリング、統合、変形、複製、フラグメント移動)
  • タンパク二次構造解析
  • 低分子自動アライメント機能(最大フラグメントへの重ね合わせによる)
  • 原子グループ間の距離/角度/二面角の計測
  • 距離/角度/二面角の変更
  • フラクショナル結合次数および水素付加時のpH選択(0から14)
  • van der Waals表面/分子および溶媒接触表面の表示と計算、体積計算、キャビティ表示
  • インタラクティブな切断面の作成
  • cisペプチド結合および誤った立体異性体の確認
  • 解析結果のテーブル出力機能(Excelにインポート可能)
  • マクロの記録またはテキストエディタによる編集
  • GUIからのバッチ処理
  • 特別入力デバイスのサポート(SpaceBallなど)
  • 無制限のアンドゥ/リドゥ

 

YASARA Dynamics 主な機能

  • YASARA ViewおよびModelの全機能をサポート
  • シミュレーション前処理(タンパク・クリーニング、pKa予測、プロトネーション、ウォーター・セル調整)
  • CPUおよびGPU計算(Mac OS X非対応)に対応した高速分子動力学計算アルゴリズム
  • AMBERおよび新規独自力場(NOVA, YAMBER)、ユーザ定義にも対応
  • 長距離静電相互作用(PME法)の高精度な取り扱い
  • 複数CPU・CPUコアを利用した並列処理
  • 結合長・水分子(LINCSおよびSETTLE法)の拘束条件
  • エネルギー・結合エネルギー・溶媒和エネルギーの計算(Poisson-BoltzmannまたはPME法)
  • シミュレーションのインタラクティブ操作(原子または分子の移動、束縛条件の追加、力場の切替など)
  • 静電ポテンシャルの計算(Poisson-BoltzmannまたはPME法)と可視化
  • ボタン操作によるシミュレーション実行(GAFF力場・AM1BCC/AutoSMILES/RESP電荷等のリガンド自動アサイン)
  • 膜タンパクのシミュレーション支援UI
  • ホモロジーモデル・リファイメントのcisペプチド結合および誤った立体異性体の自動訂正
  • MDシミュレーション自動レポート機能(高品位プロット図を含む)
  • YAPAC(MOPAC派生プログラム)を用いた半経験的MNDO/AM1/PM3法による構造最適化および解析機能
  • 配座間のトラジェクトリ解析、時間平均・RMSD・RMSF・RDFおよび動的な相互相関行列の計算
  • トラジェクトリファイル(Sim・MDCrd・XTCファイル形式)の読み込み・書き込み
  • オリゴ糖構築機能(段階的なエネルギー最小化)

 

YASARA Structure 主な機能

  • YASARA View、ModelおよびDynamcsの全機能をサポート
  • 低分子ドッキング機能(AutoDock/VINA)
  • 側鎖ロータマーの予測(グラフ理論とdead-end eliminationアルゴリズムの組み合わせに基づく)
  • ループモデラー(知識ベース)
  • 新規独自力場(YASARAおよびYASARA2)
  • ホモロジーモデリング機能(レポート生成)
  • 水素結合ネットワーク(pH依存)の最適化
  • BLASTおよびPSI-BLASTビルトイン(データベース自動更新SwissProt/UniRef90/PDB/PDBC)
  • 二次構造予測(PsiPredおよびDSC)
  • 実験で得られた構造およびモデル構造の品質評価のための拡張的な構造妥当性検証機能
  • ねじれ構造アライメント機能
  • バレンス・スキャン機能による金属結合サイトの予測と可視化

 

YASARA NMR Module 主な機能

  • YASARA Structureのアドオン・モジュール
  • NMRによるタンパク立体構造解析支援ツール
  • X-PLOR形式対応
  • リアルタイム構造生成および問題領域の解析

 

WHAT IF/YASARA Twinset 主な機能

  • WHAT IFおよびYASARA DynamicsまたはYASARA Structureのジョイント・パッケージ
  • 構造のバリデーションに広く利用されているWHAT IFをYASARAのUIから利用可能
  • YASARA DynamicsまたはYASARA StructureおよびWHAT IFライセンシーは無償で利用可能